De vertering van koolhydraten begint in de mondholte en gaat verder in de darm, waar de verschillende voedingsstoffen worden opgenomen.Het doel van dit proces is de hydrolyse van de disachariden, oligosachariden en polysachariden tot de afzonderlijke monosachariden waaruit ze bestaan, om ze te maken opneembaar door het darmslijmvlies. Voor wat is gezegd, de suikers die met het dieet worden geïntroduceerd, zoals glucose en fructose, hebben geen spijsverteringsproces nodig en worden als zodanig opgenomen. Met name glucose wordt geabsorbeerd door actief transport, terwijl fructose het darmslijmvlies passeert door gefaciliteerde diffusie; hieruit volgt dat de levulose langzamer wordt geabsorbeerd en dit draagt bij aan het verlagen van de glycemische index.
Zetmeel vormt het belangrijkste deel van complexe koolhydraten die in een uitgebalanceerd dieet worden ingenomen; het bestaat uit vele glucose-eenheden die lineair (amylose) en vertakt (amylopectine) aan elkaar zijn gekoppeld en wordt voornamelijk geïntroduceerd via aardappelen, peulvruchten, granen en derivaten, zoals pasta en brood. De spijsvertering begint in de mond, waar het wordt aangevallen door speeksel-α-amylasen, die maltose en isomaltose afgeven (disachariden gevormd door de associatie van twee glucose-eenheden, respectievelijk verbonden door α-1,4- en α-1,6-bindingen), maltotriose (dit keer zijn er drie glucosemoleculen) en dextrines (7-9 eenheden glucose, met de aanwezigheid van een vertakking) mondholte.
De activiteit van speeksel-α-amylasen stopt in de maag vanwege de zuurgraad die kenmerkend is voor de maagomgeving De vertering van koolhydraten wordt hervat en wordt voltooid in de dunne darm, dankzij de gecombineerde werking van pancreas- en darmsappen. een α-amylase-enzym vergelijkbaar met het speeksel, dat als zodanig zetmeel omzet in maltose en dextrines. Deze kunnen niet worden gehydrolyseerd door pancreasamylasen en ondergaan de werking van speciale deramificerende enzymen (α-1,6-glycosidase, α-dextrinase of isomaltase) die aanwezig zijn in de epitheelcellen van de dunne darm. Op dit niveau vinden we nog meer enzymen die betrokken zijn bij de vertering van disachariden; sucrase leidt bijvoorbeeld tot de vorming van glucose en fructose uitgaande van een molecuul sucrose en zorgt voor de hydrolyse van maltose en maltotriose in synergie met het enzym maltase; tenslotte verteert lactase melksuiker door het af te breken in glucose en galactose (de deficiëntie van dit enzym, dat veel voorkomt op volwassen leeftijd, vooral bij zwarte bevolkingsgroepen, is verantwoordelijk voor lactose-intolerantie).
Zodra de vertering van koolhydraten in de afzonderlijke monosachariden waaruit ze bestaan, is voltooid, zijn de suikers klaar om te worden opgenomen. Zoals verwacht kan deze absorptie plaatsvinden door gefaciliteerde diffusie (fructose) of door actief transport (glucose, galactose).
Niet alle koolhydraten die met het dieet worden geïntroduceerd, zijn verteerbaar en zelfs het zetmeel zelf, vooral als het rauw is, kan moeilijk verteerbaar zijn. Sommige groenten, zoals peulvruchten, bevatten bijvoorbeeld onverteerbare oligosachariden (raffinose, verbascose en stachyose). Hetzelfde geldt voor voedingsvezels, waaronder cellulose. De vertering van deze koolhydraten is in plaats daarvan mogelijk voor andere dieren, zoals herkauwers, en voor de bacteriën in onze dikke darm. Deze micro-organismen fermenteren de voedingsvezels en produceren vetzuren met een laxerend, trofisch effect voor het darmslijmvlies en kostbaar voor de algemene gezondheid van het hele organisme.